Die Verwaltung der im Rahmen der niedersächsischen Umweltzustandserfassung erhobenen Daten erfolgt in der Regel in Fachbehörden. Von hier aus werden die Messnetze beziehungsweise Messprogramme konzipiert und betreut, die Rohdaten werden hier gesammelt, aufbereitet und letztlich für eine Nutzung und Veröffentlichung zur Verfügung gestellt. Die Verwaltung der Datenmengen erfolgt überwiegend in speziell für diese Anwendung entwickelten Datenbanksystemen mit entsprechenden Auswertungsprogrammen, die durch Kopplung an Geografische Informationssysteme (GIS) bei Bedarf auch weit gehende räumliche Bezüge ermöglichen.

Als Datenverwaltungssysteme werden eingesetzt

• FIS-W (Fachinformationssystem Wasser) für die hydrologischen Daten,
• LÜN (Lufthygienisches Überwachungssystem Niedersachsen) für die Immissionsdaten der Luftqualität,
• NIBIS® (Niedersächsisches Bodeninformationssystem) für die bodenkundlichen Daten,
• Datenbanksysteme der Arten- und Biotoperfassung für die naturschutzfachlichen Daten,
• Datenbank ECO für Daten aus dem forstlichen Umweltmonitoring,
• internes Datenbanksystem der NW-FVA (Nordwestdeutsche Forstliche Versuchsanstalt) zur Erfassung von Waldgenressourcen, außerdem Integration der Daten in das Niedersächsische Forstliche Informationssystem (NIFIS) der Landesforsten,
• IMIS (Informationssystem zur Überwachung der Umweltradioaktivität) für die radiologischen Daten. Die Datenverwaltung erfolgt durch den Bund.